MBR膜的清洗有物理清洗、化学清洗、超声波清洗与电清洗等。物理清洗是用机械力从膜面上或膜孔内去除污染物。包含多种办法，如正方向冲刷、变方向清洗、透过液反压冲刷、振荡、排气冲水法、空气喷发、主动海绵球清洗、水力办法、气-液脉冲与循环洗刷等。当膜面附着的污泥层对膜过滤构成很大影响时，空曝气的作用也比较显著。关于孔阻塞和构成凝胶层的膜选用化学清洗是最有用的办法。经过多年实践的证明，酸或碱的化学清洗能够削弱颗粒或滤饼在膜面或膜孔内的黏附，添加滤饼的渗透性，但不能有用地去除膜上的颗粒或滤饼。因为化学清洗会使反应器内生物失活，构成二次污染，在实践工程的运用中十分不方便，因而能够防止化学清洗。
　　超声波清洗是经过超声波脉冲发生的高能量损坏膜外表和吸附物质的链接，松懈膜面上的颗粒，然后去除膜外表的堆积层。研讨了超声波在膜污染监测和清洗上的使用，运用时域反射计经过反射波的波幅凹凸来反映膜污染的类型和巨细。
　　经过比较确认，选用反冲刷+超声波的办法清洗作用，基本上能够将膜污染彻底铲除。研讨标明，清洁水反冲、超声波和化学清洗相结合能够有用地康复膜通量。一些研讨者在膜上施加电场，用电清洗来操控股污染，经过在必定时刻距离内涵膜上施加电场，使带电粒子或分子沿电场方向移动，在连续操作的情况下，从界面上除掉粒子或分子。