进水水温低于 8℃时，活性污泥的活性受到一定的影响，此时要适当降低出水量，保证污水中有机物在反应池内得到充分的降解，从而确保出水水质。减缓MBR膜堵塞。
　　在气温发生突变的季节中尤其要注意观察出水水质，如出水水质有突变时，要减少适当出水量、增加曝气时间。
　　正常运行时，应极力避免对微生物新陈代谢有抑制作用的消毒液、消毒剂混入生物反应池中。防止设备中微生物的正常生物机理受到破坏，导致出水恶化。
　　当污水中含有大量的合成洗涤剂或其他起泡物质时，MBR膜生物反应池会出现大量泡沫，此时可采取喷水的方法解决，但不要向反应池内加入含有油性物质的消泡剂来去除泡沫。也不可使用硅胶系列消泡剂。硅胶系列消泡剂被吸附到膜表面，会加快膜间差压的上升，使膜堵塞。此时，即使用药液清洗也很难恢复压差，需要更换膜。
　　MBR法工艺系统应定期排放一定量的剩余污泥。排泥量可根据污泥沉降比、混合液污泥浓度、活性污泥的有机负荷或污泥龄来确定。